洪泽县水生动物疫病预防控制中心实验室建于2009年，属第三批扩大内需中央预算内投资计划建设项目，项目总投资210万元。建有办公区122平方米，控温控湿实验室240平方米。实验室内设前处理室、渔业环境监测室、病原检测室、水产药物检测室、无菌室、电泳室、档案室。置有液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收仪、全自动快速微生物鉴定系统、多参数水质分析仪、超（纯）纯水仪、PCR仪、凝胶成像系统、鱼病远程诊断系统等69台套仪器设备。实验室现有技术人员4人，其中中级职称2人，初级职称2人。
实验室于2010年8月开始试运行，建立健全了《质量手册》、《程序文件》、《作业指导书》等体系文件，开展了指环虫等寄生虫检测、嗜水气单胞菌等细菌检测、白斑病毒等病毒检测业务，并在全县建立了水生动物疫病测报监测体系。2011年10月，实验室通过省质监局组织的实验室资质认定现场评审，是全国第一家通过实验室资质认定现场评审的县级水产疫控实验室。
实验室的建设，提高了我县水产养殖疫病防控水平，为我县现代渔业建设提供了技术支撑。下一步，实验室计划向水产品检测方面扩项，开展水产品药残检测工作，为全县水产品质量安全保驾护航。