据介绍，国家质检总局2004年制定发布的《有机产品认证管理办法》自发布以来已实施9 年，对于建立并规范我国有机产品认证制度起到了里程碑式的作用。近年随着我国有机产业的不断发展，也出现了越来越多的新问题：个别企业违规使用农药、抗生素、滥用投入物质，伪造、冒用或者超期、超范围、不按要求使用认证标志，不规范使用有机产品标识标注，获证产品追溯体系不健全；个别认证机构把关不严，认证门槛较低，未严格依据认证规则和程序进行认证，对获证企业缺乏有效的后续监管措施；原《办法》中缺少进口有机产品监管等内容，主管部门管理职责、监管方式较为原则、不明确，有些影响认证有效性、真实性的活动，行政监管和行政处罚没有明确的法律依据等。对此，国家质检总局、国家认监委按照国务院领导指示，对出现的问题进行梳理和分析，对《办法》进行修订，设定更加科学合理的有机产品认证制度，加强有机产品认证监管，解决当前有机产品认证领域存在的问题。
新《办法》的发布施行，将对规范有机产品认证活动，提高有机产品质量，保护消费者合法权益，促进生态环境保护和可持续发展发挥积极作用。与原办法相比，新办法由原来的46条增至现在的63条，修改内容主要体现在：设立了“有机产品认证目录制度”；通过建立认证证书统一编号制度（即有机码制度）、认证标志统一编号制度、档案记录制度，保证获证有机产品具有可追溯性；建立了有机产品认证销售证制度，认证机构通过颁发销售证，确保认证委托人所销售的有机产品类别、范围和数量与认证证书中的产品类别、范围和数量一致；明确了未获得有机产品认证的产品或者产品包装及标签上不能标注“有机”等字样；规范了进口有机产品的监督管理；对有机产品认证监管职责进行了明确，保证了对有机产品认证全过程的有效监管；增加了罚则条款，加大行政执法力度，解决了以往有机产品认证行政执法中执法依据不足的问题；取消了有机产品认证转换标志，便于消费者识别有机产品，杜绝了获证产品的认证委托人利用有机转换认证冒充和混淆有机认证的行为。