进口棉花检验监督管理办法》的颁布实施，对于提高进口棉花质量，维护正常贸易秩序，起到了很好的作用。但据江苏检验检疫部门介绍，目前进口棉花质量仍存在如下问题：一是部分批次品级降级幅度大，不符合率高；二是非洲棉品级和长度不符合率较高；三是印度棉纤维马克隆值不符合率仍然很高。另外还存在一些其他质量问题，例如，部分批次棉包发现发霉、水渍污染现象。
专家分析，近年来进口棉花仍然存在质量问题的主要原因包括：一是国外棉商在棉花交货时出现困难时，为履行合同，或延长装运期，一些国外棉商借机以次充好，这样就无法保证棉花质量与合同一致。二是棉花合同指标偏高造成现货质量达不到要求。随着进口棉花贸易国别范围的不断扩大，有些国内用棉企业在进口其他一些国家棉花时，对该国棉花质量和特性不了解，而在合同中要求棉花等级、规格等指标参照美国标准中来执行，造成棉花部分指标检验判定不合格。
在此，检验检疫部门建议国内进口棉花贸易企业：一是进一步增强自我保护意识。在进口棉花时，企业要多了解棉花的特征及品质，根据自身需求和用途进口合适的棉花。进口棉花在我国属法检货物，棉花到货应及时申请检验，以便检验检疫部门及时检验出证对外索赔。二是进一步细化完善合同内容。在进口棉花贸易合同中，要明确中纺购棉条款，并将棉花的重量、品质以CIQ证书作为买卖双方结算的依据。比如，进口棉花重量计算方式有净重结算、公定回潮结算、限制回潮结算，针对印度棉花回潮率偏高的情况，在进口印度棉花时，可增加回潮率限制条款，减少因棉花回潮偏高造成的损失。三是选择信誉好的供应商以避免质量纠纷。2009年3月15日，国家质检总局正式实施对输入中国内地的境外棉花供货企业的登记管理和质量信用等级管理制度，国内企业可根据国家质检总局发布的境外棉花供货企业信用情况，选择信誉好的棉商作为贸易伙伴，降低因贸易商信用问题带来的棉花质量风险。四是企业在大批量进口棉花的时候，可向检验检疫部门申请装船前检验，确保进口棉花重量准确，避免因短少而造成不必要的损失。