扬州市邗江区疾病预防控制中心为邗江区卫生局直属的全民事业单位，是全区疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与促进、预防医学应用研究及技术服务为一体的业务技术指导中心。承担着全区各类传染病、慢性非传染疾病及有关常见病的防治，消毒及病媒生物防制，食品、化妆品、涉水产品、一次性医疗卫生用品等与百姓健康密切相关的生活用品的卫生学检测、评价及劳动卫生和职业病防治、放射防护、从业人员预防性健康体检、建设项目预防性卫生学评价等预防医学领域工作，全区重大活动的公共卫生保障工作；承担对全区传染病疫情、污染、中毒等卫生突发事件的调查处理、应急控制和救灾防病工作。中心于1997年度通过省级计量认证，2007年度获得了江苏省卫生厅颁发的江苏省职业健康检查机构批准证书，2010年度获得了江苏省卫生厅颁发的江苏省职业卫生技术服务机构资质证书，2011年度获得了江苏省质量技术监督局颁发的食品检验机构资质认定证书；这些资质的取得标志着邗江疾控中心已经具备国家有关法律、行政法规规定的基本条件和能力。
疾控中心内部设有传染病防治科、血吸虫病防治科、结核病防治科、慢性病防治科、综合卫生监测科、检验科、健康教育所、皮肤病性病防治所等12个职能科室。中心现有在编人员65人，本科及以上人员31人，占人数的50%；其中卫技人员62人，高级职称占6.5%，中级职称占50%；2010年度疾控中心先后被省市疾控中心、市区卫生局等多部门授予先进单位、先进集体等各种荣誉20项，并有18名同志因工作成绩突出获得省、市、区相关部门的表彰。
中心现有固定资产780万元，拥有气相色谱仪、原子荧光光度计、原子吸收分光光度计、紫外光分光度计、全数字便携超声诊断系统、甲醛分析仪、气体分析仪、大气采样仪、粉尘采样器、测汞仪、数字式辐射热计、激光粉尘仪、射线巡测仪、听力计、个人声暴露计、高频电池场测量仪等仪器设备100余台，其中万元以上仪器设备20余台，基本能够满足日常卫生监测检验的需要。
2007年新建的邗江公共卫生中心大楼正式投入使用，其中疾控中心使用面积达4700平方米左右，主要用于行政办公、实验室、预防医学门诊。疾控中心按照扬州市突发性公共卫生事件防治体系建设要求，规范建设了理、化实验室、生物实验室和结核病痰检室、HIV初筛实验室、血吸虫病实验室等专项实验室，为全区疾病控制工作、职业病防治、卫生检验检测工作更好地开展提供了良好的平台。
中心成立以来，在区委、区政府和区卫生局的正确领导下，继续贯彻“预防为主”的方针，以创建一流的县（区）级级市疾病预防控制中心为目标，不断开拓创新、锐意进取，增强服务意识和质量意识，为全区人民健康服务，为全区经济建设和社会发展服务。
