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城镇化是我国当前农村和农业改革的热点，也是我国农业标准化面临的挑战。我国农业生产以分散经营为主，在邵登魁看来，这难以形成对市场有竞争优势的规模化经营和对技术有较强的接受能力的集约化经营模式，成为农业标准化建设的主要障碍之一。
邵登魁认为，城镇化为这一障碍的扫除提供了一个难得的机遇。随着我国农村城镇化建设的推进，以初级农产品生产为主的产业结构会被“农产品专业化生产+农产品包装储运+农产品分级加工+终端产品销售”为主的产业结构替代，因此城镇化基础上的农业标准化就不能局限在初级产品的生产控制环节上，而是涉及关键技术研发、技术服务、职业农民培训、产地环境控制、专业化生产、数字化农业、精准计量、农产品初级加工、农产品精细加工、涉农食品与药品开发、农业生产工业化、物流管理、旅游服务等等很多环节。每个环节都需要标准化，因此需要对农业标准化进行全新的定位。
邵登魁提出，我国城镇化背景下农业标准体系建设要分三步走，第一步是积极采用和吸收国际标准和国外先进标准，用国际先进标准体系改造我国的农业；第二是在科学评估的基础上，建立适合不同地域、不同农业产业体系的并可以快速高效升级的标准化体系；第三是在当前产业环境、产业技术、组织形式发展的基础上建立我国自有的国际先进的农业标准体系，为我国农产品在国际国内市场上建立主导地位提供技术保证。
与标准体系同样重要的是农产品质量监测机制。这个监测机制必须覆盖全产业链，而且风险共担、利益共享。主要包括完善的溯源机制、质量问责制度、生产主体自查机制、行业组织内部管理机制、产地市场准入制度、公益性机构质量检测技术服务制度、公众团体质询机制等质量监测机制的建立，这是农业标准化健康运行的保障。
而城镇化背景下农业标准化的管理机制必须进行再造，这个管理机制包括生产、加工、储运、消费、信息反馈各环节的质量控制和质量信息服务等各个方面，这个管理机制不能局限于一城一镇，也不能局限于某一种农产品，必须统筹规划，以适应城镇化后农业多元化的发展需求。
邵登魁认为，城镇化背景下的农业标准化将彻底突破以往农业标准化的界限，是工业、农业、服务业等相关领域标准化的综合体，不同于工业和服务业等相关领域的是，农业是这一标准化综合体的灵魂。